Como especie endémica de la isla de Hainan, Merr. está adaptada de manera única a las condiciones climáticas tropicales y ocupa un rango de hábitat relativamente estrecho. Dado sus largos tiempos de generación, capacidad de dispersión limitada e importancia ecológica y económica, comprender los procesos genómicos que dan forma a esta especie de árbol dominante es fundamental para la conservación. Su adaptación a hábitats especializados y su distribución geográfica distinta proporcionan valiosos conocimientos sobre los desafíos de biodiversidad en los ecosistemas insulares. Este estudio emplea marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) a nivel genómico para investigar la estructura genética, la dinámica poblacional y la variación adaptativa. Los análisis revelaron una débil divergencia genética entre poblaciones, lo que sugiere un alto flujo génico. La reconstrucción demográfica indicó un cuello de botella poblacional histórico, consistente con las proyecciones de modelado de MaxEnt sobre la contracción futura del rango bajo el cambio climático. Los análisis de barrido selectivo y asociación genotipo-ambiente (GEA) identificaron SNPs fuertemente correlacionados con variables ambientales, particularmente humedad y temperatura. Usando estos SNPs, cuantificamos el riesgo de no adaptación (RONA) a través de escenarios climáticos, señalando regiones con mayor vulnerabilidad. La enriquecimiento de Ontología de Genes (GO) destacó los genes clave involucrados en el crecimiento de las plantas y la adaptación al estrés. Al integrar datos genómicos y ambientales, este estudio establece un marco para descifrar los mecanismos adaptativos y ofrece información útil para estrategias de conservación informadas para mitigar la pérdida de biodiversidad impulsada por el clima.