La predicción genética lineal mejor ajustada (GBLUP) se ha convertido en un método ampliamente adoptado para la evaluación genómica animal. Este método estima directamente el valor de cría genómico estimado (GEBV) mediante la construcción de una matriz de relación genómica (GRM). La GRM es central para GBLUP y sigue siendo un tema de investigación activa, ya que diferentes métodos de construcción de GRM corresponden a diferentes supuestos. En este estudio, se compararon dos GRM ajustados por selección. Ambos modelos fueron evaluados por su precisión en la predicción de GEBV y su rendimiento en la estimación de heredabilidad bajo diferentes firmas de selección. Los resultados demostraron que modelar explícitamente la relación entre los tamaños de efecto de los marcadores y la frecuencia del alelo menor (MAF) durante la construcción de la GRM puede mejorar efectivamente la precisión de las predicciones de GEBV y mejorar el rendimiento de la estimación de heredabilidad.