es una bacteria endofítica diazotrófica que promueve el crecimiento y desarrollo de varias especies de plantas. Sin embargo, los mecanismos moleculares activados durante la respuesta de las plantas a esta bacteria siguen siendo poco claros. Aquí, utilizamos el enfoque de RNA-seq para comprender mejor el efecto de PAL5 en el transcriptoma de los tejidos de brote y raíz de las raíces colonizadas y promovidas, aumentando el área foliar y la biomasa. El análisis transcriptómico reveló varios genes expresados diferencialmente (DEGs) entre plantas inoculadas y no inoculadas en los tejidos de brote y raíz. Un mayor número de DEGs se reguló al alza en las raíces en comparación con los brotes. Los genes regulados al alza en ambos tejidos de brote y raíz estaban asociados con el metabolismo del nitrógeno, la producción de glucosinolatos y flavonoides, quinasas receptoras y factores de transcripción. En contraste, los principales grupos de genes regulados a la baja estaban asociados con proteínas relacionadas con la patogénesis y proteínas de choque térmico en ambos tejidos de brote y raíz. Los genes que codifican enzimas involucradas en la biogénesis y modificación de la pared celular se regularon a la baja en los brotes y se regularon al alza en las raíces. En contraste, los genes asociados con la detoxificación de ROS se regularon al alza en los brotes y a la baja en las raíces. Estos resultados destacan el ajuste fino de la regulación transcripcional en respuesta a la colonización por PAL5.