Se operó un filtro biotrickling a escala piloto (BTF) en modo de flujo contracorriente bajo condiciones anóxicas, utilizando digestato agrícola diluido como inóculo y como medio de recirculación para la fuente de nutrientes. El proceso se probó en el sitio en una planta de fermentación agrícola, donde se utilizó biogás real. La planta piloto estuvo expuesta a fluctuaciones reales relacionadas con el proceso. El propósito de esta investigación fue demostrar la validez del proceso de filtración para su uso a escala industrial al operar la planta piloto en condiciones realistas. Ni el uso de digestato agrícola como líquido de goteo ni un BTF de esta escala se han reportado previamente en la literatura. La planta piloto se operó durante 149 días. La carga de entrada más alta fue de 8.5 gS-HSmh con una eficiencia de eliminación correspondiente del 99.2%. El pH se mantuvo entre 7.5 y 4.6 sin regulación alguna a lo largo de toda la fase experimental. El análisis de la comunidad microbiana mostró que tanto las bacterias anaerobias como anóxicas pueden adaptarse a las condiciones operativas fluctuantes y coexistir simultáneamente, contribuyendo así a la robustez del proceso. La operación de un BTF anóxico con digestato agrícola como líquido de goteo demostró ser viable para su uso a escala industrial.