Brongn. es uno de los géneros más ricos en especies de Cycadales, que comprende 38 especies que se distribuyen principalmente en México, con algunas especies reportadas de regiones vecinas. Las relaciones filogenéticas dentro del género necesitan una investigación detallada basada en conjuntos de datos extensos y enfoques sistemáticos confiables. Por lo tanto, utilizamos 30 de las 38 especies conocidas para reconstruir la filogenia basada en datos de transcriptoma de 3954 genes nucleares de copia única (SCGs) a través de enfoques de coalescencia y concatenados y tres conjuntos de datos comparativos (nt/nt12/aa). Basado en todos estos métodos, se divide en seis subclados filogenéticos dentro de tres clados principales. Hubo algunas discrepancias respecto a la posición filogenética de algunas especies dentro de estos subclados. Usando estos árboles filogenéticos, se exploran la historia biogeográfica y la diversidad morfológica del género. Se originó de ancestros en el sur de México desde el medio Mioceno. Hay un patrón de distribución distinto de especies a través del Eje Volcánico Transmexicano (TMVB), que actúa como una barrera para la dispersión de las especies en el TMVB y su parte sur y norte. Ocurrieron eventos de dispersión limitados durante el Mioceno tardío, y la máxima diversificación ocurrió durante la época del Plioceno. Nuestro estudio proporciona una nueva perspectiva sobre las relaciones filogenéticas, el origen y las rutas de dispersión, y la diversidad morfológica del género. También explicamos cómo los cambios climáticos pasados afectaron la diversificación de este género nativo de Mesoamérica.