Las regiones montañosas del suroeste de China son reconocidas como centros fundamentales para el origen y la evolución de especies. El Osmanthus de Baoxing (Rehder), una especie rara y endémica conocida por sus flores de primavera, se distribuye escasamente dentro de los bosques de hoja ancha perennes de alta altitud que rodean la cuenca suroeste de Sichuan. Sin embargo, las perturbaciones antropogénicas persistentes y la fragmentación del hábitat han precipitado un declive significativo en su tamaño poblacional natural, lo que ha llevado a la erosión de los recursos genéticos. Para evaluar el estado genético y formular estrategias de conservación efectivas, realizamos muestreos en diez poblaciones silvestres, totalizando 148 individuos en sus hábitats naturales. Empleamos dos fragmentos de cpDNA para elucidar la estructura filogeográfica y la dinámica poblacional histórica. Los resultados revelaron una baja diversidad genética a nivel de especie, junto con una pronunciada diferenciación regional entre poblaciones y una notable estructura filogeográfica. Notablemente, la variación genética se observó predominantemente entre poblaciones (81.23%), sin evidencia de expansión demográfica reciente a lo largo del rango de distribución. Además, la datación de la divergencia indicó una línea de tiempo de aproximadamente 4.85 millones de años, correspondiente al Mioceno tardío hasta el Pleistoceno temprano. Esta correlación temporal coincidió con eventos de elevación localizados en las montañas del suroeste y monzones asiáticos intensificados, sugiriendo roles fundamentales para estos factores en la configuración del patrón filogeográfico actual. Estos hallazgos apoyan la conservación efectiva del germoplasma y ofrecen perspectivas sobre el impacto de las oscilaciones climáticas cuaternarias en especies compañeras dentro de los bosques de hoja ancha perennes. También mejoran nuestra comprensión del origen y la evolución de estos bosques en las montañas del suroeste, ayudando a los esfuerzos de conservación de la biodiversidad en la región.