Debido a la incongruencia taxonómica entre las características morfológicas y las relaciones genéticas del grupo de macacos, la taxonomía de este grupo de macacos ha permanecido inconclusa. Nuestro objetivo fue resolver el dilema taxonómico y mejorar nuestra comprensión de la biogeografía histórica del grupo al incluir muestras de ADN de macacos de áreas previamente no muestreadas en el Himalaya. Secuenciamos y analizamos tres loci de ADN mitocondrial [citocromo b (CYTB), subunidad 1 de citocromo oxidasa (COI) y D-loop; 2898 pb] para polimorfismo de secuencia, filogenética, delimitación de especies y reconstrucción de áreas ancestrales. Confirmamos la ocurrencia del macaco de Arunachal en las laderas del sur de los Himalayas Orientales en la Región Autónoma del Tíbet de China. Los resultados revelaron que el grupo de macacos es un grupo de especies parapatrónicas compuesto por siete especies distintas. Los análisis filogenéticos y de delimitación de especies revelaron que las dos subespecies de macacos asamés previamente consideradas (la subespecie oriental y la subespecie occidental) son dos especies distintas. El macaco asamés oriental es una especie hermana del macaco tibetano, mientras que el macaco asamés occidental y el macaco de Arunachal son las especies hermanas genéticamente más cercanas. El grupo de macacos experimentó cinco eventos de vicariancia y siete radiaciones de dispersión en el pasado, que coincidieron principalmente con las oscilaciones climáticas cuaternarias entre el Plioceno tardío y el Pleistoceno tardío. Al integrar nuestros resultados de filogenética y reconstrucción de áreas ancestrales con hallazgos de estudios paleontológicos y moleculares previos, proponemos una hipótesis robusta sobre la filogeografía del grupo de macacos.