La filogeografía comparativa de especies marinas con potencial de dispersión contrastante en el sur del mar Caribe fue evaluada por la presencia de dos barreras putativas: la pluma del río Magdalena (MRP) y la combinación de la ausencia de un fondo rocoso y el afloramiento casi permanente en la península de La Guajira (ARB + PUG). Se seleccionaron tres especies con características biológicas y ecológicas variables (es decir, potenciales de dispersión) que habitan fondos rocosos poco profundos: (PLD < 6 días), (PLD < 22 días) y (PLD > 60 días). Generamos un conjunto de SNPs para las tres especies utilizando la técnica ddRad-seq. Se recolectaron muestras de cada especie en cinco localidades desde Capurganá hasta La Guajira. Por primera vez, se proporciona evidencia de una ruptura filogeográfica causada por el MRP, principalmente para (AMOVA: = 0.420). La barrera ARB + PUG causa otra ruptura para ( = 0.406) y ( = 0.224). Se identificaron tres poblaciones ( = 3) para y , mientras que presentó una población ( = 1). El correlograma de Mantel indicó que y se ajustan al modelo poblacional jerárquico, y solo las comparaciones y mostraron congruencia filogeográfica. Nuestros resultados demuestran cómo los rasgos biológicos de estas tres especies y las barreras biogeográficas han influido en su estructura filogeográfica.