Los gimnospermas vivos incluyen alrededor de 1200 especies en cinco grupos principales: cícadas, ginkgo, gnetófitos, Pinaceae (coníferas I) y cupresófitos (coníferas II). Los estudios filogenéticos moleculares aún no han llegado a una relación unánimemente acordada entre ellos. Además, se ha observado repetidamente incongruencia filogenética cito-nuclear en gimnospermas. Reunimos un conjunto de datos completo de los genomas disponibles de 17 gimnospermas de los cinco grupos principales y añadimos nuestra propia ensamblaje de alta calidad de una especie de Podocarpaceae (la segunda familia de coníferas más grande) para aumentar el ancho de muestreo. Utilizamos estos datos para inferir filogenias nucleares reconciliadas de especies utilizando dos métodos separados para asegurar la solidez de nuestras conclusiones. También reconstruimos árboles filogenómicos de organelas a partir de 42 genes mitocondriales y 82 genes plastidiales de 38 y 289 especies de gimnospermas de los cinco grupos principales, respectivamente. Nuestra filogenia nuclear recupera consistentemente el clado Ginkgo-cícadas como la primera división de linaje de otros clados de gimnospermas y a las Pinaceae como hermanas de los gnetófitos (la hipótesis Gnepines). En contraste, el árbol mitocondrial coloca a las cícadas como el linaje más antiguo en gimnospermas y a los gnetófitos como hermanas de los cupresófitos (la hipótesis Gnecup), mientras que el árbol plastómico apoya el clado Ginkgo-cícadas y a los gnetófitos como hermanas de los cupresófitos. También examinamos el efecto de los sitios de edición de ARN mitocondrial en la filogenia de gimnospermas manipulando las secuencias de nucleótidos y aminoácidos en estos sitios. Solo la eliminación completa de los sitios de edición tiene un efecto en la inferencia filogenética, lo que lleva a una mayor congruencia entre las filogenias mitogenómicas y nucleares. Esto sugiere que los sitios de edición de ARN llevan una señal filogenética con rasgos evolutivos distintos.