Los escarabajos de clic (Coleoptera: Elateridae) son una familia de escarabajos abundante, diversa y de importancia económica que incluye especies bioluminiscentes. Hasta la fecha, las filogenias moleculares han muestreado relativamente pocos taxones y genes, resolviendo de manera incompleta las relaciones a nivel de subfamilia. Presentamos un nuevo conjunto de sondas para el enriquecimiento híbrido anclado de 2260 genes ortólogos de copia única en Elateroidea. Usando estas sondas, llevamos a cabo el estudio filogenómico más grande de Elateroidea hasta la fecha (99 Elateroidea, incluyendo 86 Elateridae, más 5 grupos externos no elateroides). Secuenciamos especímenes de 88 taxones para probar la monofilia de familias, subfamilias y tribus. Los análisis filogenéticos de máxima verosimilitud y coalescencia produjeron topologías bien resueltas. Notablemente, las familias bioluminiscentes no elateridas incluidas (Lampyridae + Phengodidae + Rhagophthalmidae) forman un clado dentro de la familia monofilética Elateridae, y Sinopyrophoridae puede no justificar su reconocimiento como familia. Todos los análisis recuperaron las subfamilias elateridas Elaterinae, Agrypninae, Cardiophorinae, Negastriinae, Pityobiinae y Tetralobinae como monofiléticas. Nuestros resultados fueron contradictorios sobre si los hipnoidinos son parientes de Dendrometrinae o de Cardiophorinae + Negastriinae. Además, mostramos que los fósiles con el frente tipo eucnemido y forma cilíndrica alargada pueden pertenecer a Eucnemidae, Elateridae: Thylacosterninae, cantharoides de cuerpo duro ancestrales o grupos extintos relacionados. Los cambios taxonómicos propuestos incluyen el reconocimiento de Plastocerini como una tribu en Dendrometrinae y Hypnoidinae stat. nov. como una subfamilia dentro de Elateridae.