Marattiaceae es una familia filogenéticamente aislada de helechos eusporangiate tropicales que incluye seis géneros con más de cien especies. En Marattiaceae, la monofilia de los géneros ha sido bien respaldada filogenéticamente. Sin embargo, las relaciones filogenéticas entre ellos eran elusivas y controvertidas. Aquí, se utilizó un conjunto de datos de 26 transcriptomas (incluyendo 11 generados recientemente) para evaluar genes nucleares de copia única y obtener las secuencias de genes de organelos. A través del análisis filotranscriptómico, se exploraron la filogenia y los eventos de hibridación de Marattiaceae y se proporcionó un marco filogenómico robusto para la evolución de Marattiaceae. Utilizando tanto filogenias basadas en concatenación como en coalescencia, se examinaron la discordancia del árbol genético, las simulaciones de ordenamiento de linajes incompletos (ILS) y la inferencia de redes. Excepto por el bajo soporte con genes mitocondriales de Marattiaceae, los genes nucleares y los genes de cloroplasto respaldaron fuertemente una relación hermana entre Marattiaceae y los helechos leptosporangiate. A nivel de género, todo el análisis filogenético basado en conjuntos de datos de genes nucleares recuperó cinco géneros en Marattiaceae como monofiléticos con un fuerte apoyo, y fueron los primeros dos clados divergentes a su vez. Fue un clado hermana del clado + s.l. En s.l., tres clados (s.s., el grupo y) fueron bien identificados con el máximo apoyo. El grupo se derivó de s.s. hace aproximadamente 18 Ma. La especie híbrida putativa entre s.s. y el grupo fue verificada por los análisis de red de especies y los genes plastidiales maternos. Este estudio mejorará nuestra comprensión sobre el uso del método filotranscriptómico para explorar la filogenia e investigar eventos de hibridación para taxones difíciles en helechos.