Stephomyia Tavares, 1916 comprende siete especies, todas neotropicales: S. clavata (Tavares, 1920); S. epeugeniae Gagné, 1994; S. espiralis Maia, 1993; S. mina Maia, 1993; S. rotundifoliorum Maia, 1993; S. tetralobae Maia, 1993; y S. eugeniae (Felt, 1913). En el presente estudio, se realizó un análisis cladístico basado en caracteres morfológicos de adultos, pupas, larvas y agallas, así como datos de la planta hospedante, para discutir la monofilia del género y las relaciones entre las especies conocidas. La monofilia de Stephomyia se vio respaldada por ocho sinapomorfías: cinco caracteres homoplásticos y tres caracteres no homoplásticos. Los análisis mostraron una alta inestabilidad en S. clavata dentro del género, probablemente debido a la falta de datos de larvas, pupas y hembras, por lo que S. clavata se desactivó en el análisis. La topología encontrada fue: (S. mina ((S. eugeniae + S. epeugeniae) (S. tetralobae (S. rotundifoliorum + S. espiralis)))).