La región del bucle de desplazamiento mitocondrial (D-loop) es una región de control no codificante que desempeña un papel crucial en la replicación y transcripción, sirviendo como un marcador informativo para estudios evolutivos y demográficos. En este estudio, se analizaron las secuencias completas del D-loop mitocondrial de la base de datos pública de NCBI en nueve poblaciones de dromedarios indios y otras. El análisis evolutivo y de secuencias por pares indica una separación distinta de las poblaciones extranjeras y un agrupamiento sustancial de las razas indias dentro de un clado monofilético. Las razas indias mostraron más del 99.4% de identidad de secuencia, una diversidad mínima (~ 0.003) y una divergencia limitada (k = 3-4), mientras que las poblaciones árabes e iraníes exhibieron una variabilidad más prominente (~ 0.004-0.0044; k ~ 5). Los análisis de composición de nucleótidos corroboraron la naturaleza rica en AT del D-loop con una longitud de secuencia conservada y un enriquecimiento de motivos CpG. Esto sugiere una conservación selectiva de elementos funcionales en la región de secuencia del D-loop. Los análisis de correlación y correspondencia destacaron el uso no aleatorio de nucleótidos y la dinámica de repeticiones consistente con las presiones mutacionales asociadas a la replicación. La diversidad estructural demográfica mostró que casi toda la variación genética se distribuyó entre poblaciones (~99.9%), con una variación mínima dentro de las razas. Los valores de diferenciación por pares indicaron una divergencia sustancial entre las razas indias y extranjeras, con las razas de desierto indias mostrando una diferenciación restringida, posiblemente debido a un ancestro materno compartido. Los resultados de la prueba de neutralidad para el conjunto de datos de secuencias interpretaron una expansión demográfica en curso o una recuperación de cuellos de botella para las poblaciones árabes, iraníes, sindhis y kharai. En contraste, para otras razas de desierto indias, los valores de la prueba de neutralidad que se acercaban a cero pueden expresar una reducción actual de la población. Los motivos de unión de factores de transcripción conservados apoyan aún más el papel de la selección purificadora en las restricciones funcionales de la secuencia. Estos hallazgos destacan que los dromedarios indios poseen secuencias del D-loop mitocondrial altamente conservadas, que están influenciadas por la selección purificadora y la estabilidad demográfica. Esta baja diversidad mitocondrial en secuencias no codificantes puede reflejar la disminución del tamaño de la población y enfatiza la urgente necesidad de estrategias de conservación específicas.