El subgénero Bunge, que consiste en varias secciones, es uno de los grupos taxonómicamente más complicados del género. La sección Bunge pertenece a este subgénero y es un elemento significativo de la región florística Irano-Turaniana. Se realizó un análisis filogenético molecular de esta sección y sus taxones estrechamente relacionados utilizando espaciadores internos transcritos de ADN ribosomal nuclear (ITS) y regiones de espaciador externo transcrito (ETS), así como secuencias de plastidios K. Los análisis de parsimonia y la inferencia filogenética bayesiana revelaron que la sección no es monofilética en su forma actual, ya que algunos taxones pertenecientes a secciones estrechamente relacionadas como DC. y el grupo Bunge dentro de la sect. la convierten en parafilética. Además, los grupos de especies pertenecientes a la sect. se colocan en diferentes clados dentro del árbol filogenético del subgénero, lo que indica polifilia, es decir, múltiples orígenes independientes de los taxones colocados en la sect. . La datación molecular del grupo estimó una edad de 3.62 (1.73-5.62) My para este ensamblaje, con los principales eventos de diversificación ocurriendo durante los últimos 2 My. Muchos grupos de especies se separaron solo dentro de los últimos 0.5 a 1 My. Basándonos en datos morfológicos y moleculares, discutimos las relaciones filogenéticas de los grupos y la sinonimia de especies. Además, los taxones incluidos en la sect. no son monofiléticos e incluyen especies pertenecientes a las sects. , , , y grupos dentro de los taxones de la sect. Concluimos que solo un análisis que incluya todos los grupos y casi todas las especies de las secciones dentro del clado Hypoglottis puede resultar finalmente en un nuevo sistema basado en la evolución para estos taxones.