Aytoniaceae es una de las familias más grandes de hepáticas taloides complejas (Marchantiopsida), que consta de aproximadamente 70 especies, siendo la mayoría de ellas distribuidas en áreas templadas. Sin embargo, la filogenia y evolución del carácter morfológico de Aytoniaceae aún se comprenden mal. Aquí, empleamos dos loci de cloroplasto, específicamente, L y L-F, junto con una secuencia ribosomal nuclear 26S para reconstruir la filogenia y rastrear la evolución morfológica de Aytoniaceae. Nuestros resultados revelan que Aytoniaceae es monofilética, y se recuperaron cinco clados monofiléticos (es decir, -, , , - y ). se dividió en cinco clados (es decir, , subg. , subg. , subg. y subg. ), excepto por el cual es el hermana de . La datación del reloj molecular bayesiano indica que los cinco clados principales dentro de Aytoniaceae experimentaron eventos de divergencia en el período Cretácico. se diferenciaron durante el Cretácico Superior temprano (c. 84.2 Ma) y se originaron en el Cretácico Inferior tardío (c. 143.0 Ma). La planta ancestral de Aytoniaceae se reconstruye como la ausencia de un pseudoperianth, careciendo de aperturas ecuatoriales, y teniendo tanto órganos reproductores masculinos como femeninos en el talo principal. En la actualidad, consta de dos especies conocidas en Asia y América con la nueva transferencia de a un nuevo subgénero, subg. , que se propone.