Tradicionalmente, las relaciones interespecies filogenéticas se estiman en función de la diversidad genética, ya que se asume que cuanto más recientemente se haya divergido una especie, con una constancia de desarrollo comparable, más similar debería ser su material genético y sus proteínas. Sin embargo, las controversias ocasionales en el campo pueden reflejar una resolución y precisión limitadas de este enfoque. La epigenética, por su parte, ha proporcionado evidencia significativa de que los dinucleótidos CpG (CpGs) dentro del material genético son de particular importancia para la anotación y función del genoma y la formación del fenotipo, que se moldea continuamente a través de la interacción evolutiva con factores ambientales. Con base en esto, se puede concluir que los CpGs siguen una tasa de evolución distinta, en comparación con todas las demás posiciones de nucleótidos. Se proporciona evidencia que respalda esta conclusión. Por lo tanto, utilizar CpGs para profundizar en las relaciones evolutivas entre especies podría resultar ser un enfoque valioso para lograr, en algunos casos, una mejor comprensión del desarrollo evolutivo.