Colombia es el país con la sexta mayor cantidad de reservas de agua en el mundo, y el 25% de su territorio está cubierto por humedales. Sin embargo, se estima que aproximadamente el 50% del agua del país presenta algún tipo de contaminación relacionada con actividades antrópicas. Una alternativa para el tratamiento y la recuperación de sus cuerpos de agua es el uso de microalgas, microorganismos unicelulares y mixotróficos, ya que estos bioreactores son altamente adaptables al medio ambiente y sus costos de mantenimiento son mínimos, porque se alimentan de casi cualquier sustrato. De hecho, diferentes países ya han informado sobre el uso de microalgas como bioremediadores para cuerpos de agua. El uso de estos microfitos es eficiente porque metabolizan, degradan o bioacumulan metales pesados, pesticidas, contaminantes emergentes y antibióticos. En general, las estrategias que dependen de microalgas para eliminar contaminantes son muy similares entre sí. Por ejemplo, la primera etapa a menudo incluye un proceso de bioadsorción, consumo, degradación y acumulación, en el que las microalgas utilizan moléculas generadas a partir de su propio metabolismo celular. Algunos estudios piloto centrados en la fitorremediación de pantanos y otros cuerpos de agua ya se han llevado a cabo en Colombia; sin embargo, se requieren más estudios sobre la optimización de procesos, aprovechando efectivamente la biodiversidad de las microalgas existentes y adaptando mejor las microalgas a la región.