La heterogeneidad de los fibroblastos sigue sin definirse en la esofagitis eosinofílica (EoE), un trastorno inflamatorio alérgico complicado por fibrosis. Utilizamos datos de secuenciación de ARN de una sola célula disponibles públicamente (GSE201153) de biopsias esofágicas de EoE para identificar subpoblaciones de fibroblastos, transcriptomas relacionados, vías específicas del estado de la enfermedad e interacciones célula-célula. Se utilizaron cultivos de fibroblastos tratados con IL-13 para modelar la enfermedad activa. Se identificaron al menos 2 poblaciones de fibroblastos, F_A y F_B. Varios genes estaban más enriquecidos en F_A. El porcentaje de F_B fue mayor que el de F_A y la transición epitelio-mesenquimal se reguló al alza en F_B frente a F_A en EoE activo y en remisión. La transición epitelio-mesenquimal también se reguló al alza en F_B en EoE activo frente a remisión y la señalización de TNF-alfa a través de NFKB se reguló a la baja en F_A. El tratamiento con IL-13 reguló al alza los genes relacionados con la ECM de manera más profunda en fibroblastos ACTA2- que en miofibroblastos ACTA2+. Después de proliferar las células epiteliales, F_B y F_A contribuyeron más a las redes de comunicación célula-célula. La fuerza de interacción ECM-Receptor fue más fuerte que la señalización de contacto celular o secreción en EoE activo frente a remisión y las parejas de ligando-receptor significativas fueron impulsadas principalmente por F_B. Este análisis imparcial identifica al menos 2 subpoblaciones de fibroblastos en EoE in vivo, distinguidas en parte por. Los fibroblastos desempeñan un papel crítico en las interacciones célula-célula en EoE, de manera más profunda a través de la señalización ECM-receptor a través del subgrupo F_B.