Devolver el estiércol de ganado a los cultivos como fertilizante orgánico es un método de tratamiento sostenible y respetuoso con el medio ambiente, pero su aplicación también altera el microambiente del suelo. Sin embargo, el impacto de la perturbación de la comunidad microbiana del suelo y la acumulación de contaminantes de diferentes tipos de fertilizantes orgánicos sigue siendo en gran medida desconocido en el sur de China. Para llenar este vacío, investigamos los efectos de los fertilizantes orgánicos, incluido el estiércol de pollo, el estiércol de cerdo y el vermicompost en las comunidades bacterianas y fúngicas del suelo y los riesgos ambientales. Los resultados muestran que la aplicación de fertilizantes orgánicos aumenta efectivamente el contenido de nutrientes del suelo. La secuenciación de alto rendimiento de bacterias y hongos mostró que la aplicación de diferentes fertilizantes orgánicos tenía efectos diferenciales en la estructura de la comunidad microbiana, con el mayor número de OTUs específicos de microbios en el tratamiento de vermicompostaje. Además, este estudio no encontró riesgo de contaminación por metales pesados (Cu, Zn, Pb, Cr y Cd) por la aplicación de fertilizantes orgánicos a corto plazo, pero hubo un riesgo de contaminación por antibióticos (ENR y CHL). Se identificaron microorganismos funcionales que regulan metales pesados y antibióticos mediante análisis de RDA. Este estudio facilita la selección de tipos de fertilizantes orgánicos que pueden ser devueltos de manera segura al campo, así como el desarrollo de estrategias para regular los microbios funcionales.