Los antioxidantes y los flavonoides son compuestos beneficiosos utilizados en las industrias farmacéutica y alimentaria que se derivan de fuentes naturales. Un experimento de campo de dos años se realizó para investigar el efecto de las prácticas de manejo agrícola en el contenido de trigonelina, la actividad antioxidante medida con DPPH (2,2-Difenil-1-Picrilhidrazil) y FRAP (Reducción de hierro, poder antioxidante reductor férrico), el contenido fenólico total, el contenido de flavonoides total y los contenidos específicos de flavonoides de las semillas de fenogreco. Los tratamientos examinados fueron fenogreco solo (Sole F) y tres ratios de cultivo intercalado con trigo sarraceno (B) (F:B = 2:1, 1:1 y 1:2), cada uno con tres tipos de fertilizantes (fertilizante químico, fertilizante integrado y estiércol de gallina). El mayor contenido de trigonelina de las semillas de fenogreco se obtuvo en F:B = 2:1 fertilizado con estiércol de gallina. En comparación con Sole F, las semillas de fenogreco cosechadas en los tratamientos de cultivo intercalado tenían una mayor actividad antioxidante, contenido fenólico total, vitexina, isovitexina, orientina e isoorientina. El tratamiento F:B = 2:1 mejoró la actividad antioxidante y el contenido de compuestos bioactivos. En general, la adición de abono orgánico a las semillas de fenogreco fue altamente efectiva para promover todos los compuestos analizados tanto en los sistemas de cultivo solo como en los de cultivo intercalado. Nuestro estudio encontró que las semillas de fenogreco cosechadas de plantas que se cultivaron intercaladas con trigo sarraceno y con la aplicación de abono orgánico mejoraron el contenido de antioxidantes y flavonoides en las semillas.