Como parte fundamental del ecosistema del suelo, los procariotas están involucrados en la preservación de las funciones del suelo. Sin embargo, se sabe poco acerca de cómo la aplicación combinada a largo plazo de fertilizantes de nitrógeno orgánicos e inorgánicos afecta la dinámica de las comunidades procariotas en un campo de arroz. Un experimento de posicionamiento a largo plazo iniciado en 2013 con cuatro tratamientos (NO: sin fertilizante de N, CN: 100% de urea N sin fertilizante orgánico, PM: 80% de urea N más 20% de N con estiércol de cerdo, CM: 80% de urea N más 20% de N con compost) se aplicaron para detectar las respuestas diferenciales de las propiedades fisicoquímicas del suelo, y la estructura y composición de la comunidad procariota en diferentes regímenes de fertilización. Los resultados indicaron que la aplicación combinada a largo plazo de fertilizantes de nitrógeno orgánicos e inorgánicos alteró las propiedades fisicoquímicas en cierta medida y, simultáneamente, estableció comunidades procariotas únicas. En detalle, el tratamiento de PM y CM aumentó significativamente el contenido de carbono orgánico del suelo (SOC) y nitrógeno total (TN) en comparación con NO. Además, un total de 31 taxones indicadores fueron seleccionados en los cuatro tratamientos mediante el análisis de Tamaño de Efecto LDA (LEfSe) siguiendo el principio de las mayores diferencias, lo que sugiere que estos taxones indicadores fueron más sensibles a la fertilización. Esta investigación sugirió que la aplicación combinada a largo plazo de fertilizantes de nitrógeno orgánicos e inorgánicos no solo contribuyó a las propiedades fisicoquímicas del suelo, sino que también cambió la composición de la comunidad procariota.