En la región sur de Xinjiang, China, es de vital importancia desarrollar estrategias eficientes de riego y fertilización para mejorar la utilización de recursos y prevenir la desertificación. Este estudio se centra en las jujubes en Xinjiang, China, e involucra un experimento de campo de tres años destinado a explorar la estrategia de aplicación óptima de agua tratada magnéticamente combinada con fertilizante orgánico microbiano para proporcionar apoyo científico a la producción de jujube de alta calidad. El experimento incluyó un grupo de control (utilizando solo agua fresca, denotado como CK) y combinaciones de riego por goteo con agua tratada magnéticamente con diferentes cantidades de fertilizante orgánico microbiano: en 2021, los tratamientos incluyeron M0 (solo riego con agua tratada magnéticamente), M6 (0.6 t/ha), M12 (1.2 t/ha), M18 (1.8 t/ha) y M24 (2.4 t/ha); en 2022 y 2023, los tratamientos incluyeron M0, M6 (0.6 t/ha), M12 (1.2 t/ha), M24 (2.4 t/ha) y M48 (4.8 t/ha). Este estudio investigó los efectos del riego por goteo con agua tratada magnéticamente combinado con fertilizante orgánico microbiano en las propiedades físicas del suelo, parámetros hidráulicos, actividad enzimática, estabilidad de agregados y rendimiento y calidad de jujube. La aplicación de fertilizante orgánico microbiano redujo significativamente la densidad aparente del suelo entre un 3.07% y un 11.04% y aumentó la porosidad del suelo entre un 1.97% y un 14.75%. La conductividad hidráulica saturada del suelo disminuyó gradualmente con el aumento de la cantidad de fertilizante orgánico microbiano, con un rango de reducción del 5.95% al 13.69%, mientras que la capacidad de retención de agua mejoró significativamente (de 0.217 cm/cm a 0.264 cm/cm). Además, el fertilizante orgánico microbiano mejoró significativamente las actividades de ureasa, catalasa y sucrasa en el suelo y aumentó significativamente la proporción de grandes agregados de suelo. El rendimiento de jujube aumentó entre un 3.66% y un 21.38%, y la calidad mejoró significativamente, como lo demuestra el aumento en el contenido de azúcar soluble y flavonoides. Los resultados del cálculo del modelo de Gauss recomendaron 3.09 t·hm como la cantidad óptima de fertilizante orgánico microbiano para mejorar integralmente el rendimiento y la calidad de jujube. Estos hallazgos indican que el riego por goteo con agua tratada magnéticamente combinado con altas cantidades de fertilizante orgánico microbiano mejoró significativamente las propiedades físicas del suelo, los parámetros hidráulicos, la actividad enzimática, la estabilidad de agregados y el rendimiento y la calidad de jujube, proporcionando evidencia científica para la mejora del suelo desértico y la producción agrícola.