La aplicación de los fertilizantes orgánicos puede mejorar las propiedades del suelo y la calidad de los productos agrícolas, mientras que el efecto profundo del fertilizante orgánico necesita una exploración más detallada. En este estudio, la calidad de la fruta de manzana (Mill.), las características fisicoquímicas del suelo y la comunidad microbiana bajo diferentes fertilizantes, incluyendo el control sin fertilizante (CK), estiércol compostado (CM), purín de biogás (BS) y fertilizante químico (CF) fueron investigados sistemáticamente, y cada tratamiento se repitió tres veces en parcelas de bloques completamente aleatorios con el mismo contenido de NPK de fertilizante aplicado en cada tratamiento. La fruta de manzana tratada con CM se observó con el mejor diámetro vertical (78.72 +/- 4.32 mm), diámetro transversal (87.51 +/- 1.3 mm) e índice de color (L* = 55.48 +/- 5.48, b* = 18.96 +/- 1.86). Mientras tanto, la fruta de manzana tratada con CM y BS tenía una firmeza de pulpa más alta que la del tratamiento CK y CF, lo que implica que la fertilización orgánica puede mejorar la capacidad de almacenamiento y el sabor crujiente de la fruta de manzana. Además, los azúcares totales, aminoácidos esenciales, proteínas crudas, ácidos totales y contenidos de sólidos solubles de la fruta de manzana también mejoraron significativamente al utilizar fertilizantes CM y BS debido al mayor contenido de N, P y materia orgánica en el suelo resultante. La aplicación de fertilizante orgánico también mejoró drásticamente la diversidad de bacterias y hongos, lo que puede contribuir a una mejor respiración del suelo. Los resultados obtenidos en este estudio revelan el efecto esclarecedor del fertilizante orgánico en la mejora de la calidad de la fruta y la salud del suelo y pueden proporcionar asistencia técnica para el cultivo orgánico de manzanas.