El fósforo (P) es un nutriente esencial para el crecimiento y desarrollo de las plantas, así como un factor importante que limita la producción sostenible de maíz. Se ha demostrado que la fertilización nitrogenada (N) dirigida en forma de amonio afecta positivamente la absorción de Pi en condiciones de deficiencia de P en comparación con el nitrato. Sin embargo, sus profundos efectos en las características de las raíces, la absorción de P y la composición microbiana del suelo aún son en gran medida desconocidos. En este estudio, se utilizaron dos genotipos de maíz, F160 y F7, con diferente sensibilidad al P para investigar características de raíces relacionadas con el fósforo, como la longitud de los pelos radiculares, el diámetro de la raíz, la asociación con AMF y múltiples eficiencias de P bajo limitación de P cuando se fertilizaron con amonio o nitrato. La aplicación de amonio mejoró la eficiencia de adquisición de fósforo en el genotipo F7, pero no en F160, lo que sugiere que el genotipo juega un papel importante en cómo una forma particular de N afecta la absorción de P en el maíz. Además, los datos de metabarcoding mostraron que las raíces jóvenes de maíz fueron capaces de promover taxones microbianos distintos, como los hongos micorrízicos arbusculares, cuando se fertilizaron con amonio. En general, los resultados sugieren que la forma de fertilizante químico nitrogenado puede ser fundamental para seleccionar comunidades microbianas beneficiosas asociadas con la absorción de fósforo y la aptitud de la planta de maíz.