La aplicación de fertilizantes orgánicos o su combinación con fertilizantes químicos es una práctica viable para mejorar la fertilidad del suelo y reducir la degradación del suelo en agroecosistemas, y estas regulaciones son mediadas principalmente a través de comunidades microbianas del suelo. A pesar de que las bacterias se encuentran entre los grupos más abundantes y diversos de microorganismos del suelo, los efectos de la fertilización orgánica a largo plazo (OF) y la fertilización química-orgánica (COF) sobre la diversidad bacteriana del suelo y la composición de la comunidad siguen siendo poco claros. En este estudio, realizamos un meta-análisis y demostramos que la OF no tuvo un efecto significativo en la diversidad alfa bacteriana. La aplicación de fertilizante químico y residuos de cultivos disminuyó significativamente el índice de riqueza bacteriana. Tanto la OF como la COF alteraron significativamente la estructura de la comunidad bacteriana, siendo estos cambios predominantemente atribuidos a variaciones en el pH del suelo. Para los filos bacterianos, tanto la OF como la COF aumentaron significativamente la abundancia relativa de ciertos grupos, lo que sugiere que la OF y la COF pueden causar el enriquecimiento de taxones copiotróficos. Además, la COF aumentó significativamente la abundancia relativa de un grupo pero disminuyó la abundancia relativa de otro. En general, nuestros resultados sugieren que la fertilización orgánica y química-orgánica pueden mantener efectivamente la diversidad bacteriana y mejorar la fertilidad del suelo en agroecosistemas, y la alteración de la estructura de la comunidad bacteriana del suelo está estrechamente relacionada con el pH del suelo.