El objetivo de este estudio fue investigar la influencia de la variación espacial de los cauces y hábitats fluviales en la distribución de las comunidades ícticas en las cabeceras del sistema del río Jaú, un afluente de aguas negras del río Negro. Se realizaron recolecciones y mediciones en 34 cabeceras de arroyos durante el período de noviembre a diciembre de 1998. Los peces se capturaron con nasas y redes de mano a lo largo de tramos estándar de dos meandros. Se recopilaron datos sobre la estructura del hábitat bentónico, la profundidad y el ancho del arroyo a lo largo de transectos laterales en cada tramo de muestra. Se recolectó un total de 66 especies de peces de 24 familias, que se clasificaron en siete gremios tróficos: insectívoro alóctono, insectívoro autóctono, insectívoro general, piscívoro, planctívoro detritívoro, insectívoro detritívoro y piscívoro insectívoro. Las variaciones en la distribución y diversidad de los sustratos del fondo fueron factores importantes que influyeron en la estructura de las comunidades de peces en estos sistemas. Además, la variación en el tamaño de los arroyos explicó la variabilidad observada en las comunidades de peces.