La revisión describió los factores más importantes que afectan el desarrollo de la microbiota intestinal en los cachorros desde el nacimiento hasta el destete. La salud y el bienestar del microbioma en los cachorros se ven influenciados por el tipo de parto, la microbiota materna y la dieta de la madre, de manera directa o indirecta. La aislamiento de bacterias en perros a partir de la placenta, los fluidos fetales y los fetos sugiere que la colonización podría ocurrir antes del nacimiento, aunque esto sigue siendo un tema de debate. En consecuencia, los cachorros recién nacidos podrían albergar bacterias que podrían ser de origen materno y que podrían influir en la colonización microbiana más adelante en la vida. Sin embargo, los impactos a largo plazo en la salud y la significancia clínica de esta transferencia aún no están claros y necesitan ser investigados. Las mismas bacterias maternas se encontraron en cachorros que nacieron por vía vaginal y en aquellos que fueron entregados por cesárea. Potencialmente, la relación entre el tipo de parto y la colonización del microbioma influirá en la aparición de enfermedades, ya que puede modular la microbiota intestinal durante la primera etapa de la vida. Además, la microbiota intestinal de los cachorros se vuelve progresivamente más similar a la de los perros adultos en el destete, como consecuencia de la transición de la leche a alimentos sólidos que trabaja junto con factores de comportamiento. Varios estudios han investigado los efectos de la dieta en la microbiota intestinal de los perros, revelando que la interferencia dietética puede afectar la composición y actividad microbiana a través de la producción de ácidos grasos de cadena corta y vitaminas. Estos compuestos juegan un papel fundamental durante el desarrollo del feto y el crecimiento inicial del cachorro. La composición de la dieta que se da durante el embarazo a las perras también es un factor importante a considerar para la salud de los recién nacidos. Hasta donde se sabe, los efectos del tipo de parto, la microbiota materna y la dieta sobre la colonización microbiana y la salud a largo plazo de los perros merecen más estudios. Definitivamente, se requerirán estudios longitudinales con un mayor número de perros para evaluar un vínculo causal entre la composición del microbioma en los cachorros y las enfermedades en los perros adultos.