Se supone que los ciclos de vida complejos en parásitos cnidarios pertenecientes a los Myxozoa son el resultado de la incorporación de vertebrados en ciclos de vida simples que explotan invertebrados acuáticos. Sin embargo, no se conoce nada sobre las fuerzas impulsoras y la implementación de este evento, aunque fomentó una diversificación masiva. Realizamos una búsqueda exhaustiva de mixozoos en peces evolutivamente antiguos (Condrictios) y más que duplicamos los datos existentes de secuencias de rDNA 18S, descubriendo siete linajes filogenéticos independientes. Aplicamos métodos de cofilogenética y mapeo de caracteres en el conjunto de datos monofilético más grande y demostramos que las filogenias de hospedador y parásito están fuertemente correlacionadas, y que los cambios tectónicos pueden explicar el agrupamiento filogeográfico en las rayas recientes y las rayas de nariz blanda, en el Atlántico. Los linajes más basales de mixozoos habitan la bilis de los condrictios, un sitio inmunológicamente privilegiado y un nicho protector, fácilmente accesible desde el intestino a través del conducto biliar. Hipotetizamos que la integración alimentaria es un mecanismo probable de adquisición del hospedador, una idea respaldada por los hábitos alimenticios de las quimeras y los tiburones antiguos y por múltiples entradas de diferentes linajes de parásitos de invertebrados al nuevo grupo de hospedadores. Proporcionamos emocionantes primeras ideas sobre la historia evolutiva temprana de los parásitos metazoos antiguos en un grupo de hospedadores que encarna más distintividad evolutiva que la mayoría de los otros vertebrados.