A pesar de la ubicuidad de los perros domésticos, su papel como reservorios zoonóticos y la gran cantidad de estudios sobre parásitos en perros urbanos, las zonas rurales de Brasil, especialmente aquellas en la interfaz entre fauna silvestre, animales domésticos y humanos, han recibido poca atención por parte de científicos y gestores de salud pública. Este artículo presenta un estudio epidemiológico transversal de parásitos gastrointestinales en perros rurales que viven en fincas cerca de fragmentos de la Mata Atlántica. Mediante métodos parasitológicos estándar (flotación y sedimentación), se encontraron 13 taxones de parásitos (11 helmintos y dos protozoos) en muestras de heces de perros. Los más frecuentes fueron el nematodo Ancylostoma (47%), seguido de Toxocara (18%) y Trichuris (8%). Otros parásitos menos prevalentes (<2%) encontrados fueron Capillaria, Ascaridia, Spirocerca, Taeniidae, Acantocephala, Ascaris, Dipylidium caninum, Toxascaris y los protozoos Cystoisospora y Eimeria. Se encontraron infecciones mixtas en el 36% de las muestras, principalmente por Ancylostoma y Toxocara. La desparasitación previa no se asoció con infecciones, lo que significa que los propietarios están realizando esta medida preventiva de forma incorrecta. En cuanto a los factores de riesgo, los perros menores de un año tenían mayor probabilidad de infectarse con Toxocara y los perros de raza con Trichuris. El número de gatos en los hogares se asoció positivamente con la infección por Trichuris, mientras que los perros machos y las puntuaciones corporales bajas se asociaron con infecciones mixtas. La falta de asociación con el comportamiento de los perros en libertad y el acceso a bosques o pueblos indica que las infecciones se adquieren principalmente en el entorno doméstico. Los resultados destacan el riesgo de infecciones parasitarias zoonóticas y de fauna silvestre procedentes de perros y la necesidad de monitorear y controlar los parásitos de los animales domésticos en las áreas de interfaz entre humanos y fauna silvestre.