En un estudio transversal, se identificó que tres regiones de Alemania diferían en cuanto a su prevalencia a nivel de rebaño de paratuberculosis en ganado lechero. En el estudio presentado aquí, se analizaron las mismas granjas para identificar aquellos componentes de bioseguridad y gestión de granjas con el mayor impacto en la introducción y establecimiento de ssp. (MAP) en una granja. Así, los análisis de datos incluyeron 183, 170 y 104 rebaños de las regiones de estudio norte, este y sur, respectivamente. Se consideró que un rebaño era positivo para MAP si al menos una muestra ambiental fecal era positiva. Se analizaron veintiséis diferentes posibles factores de riesgo de cinco componentes diferentes de bioseguridad y gestión de granjas. Mostramos que la gestión promedio de la alimentación de terneros aumentó las probabilidades de que una granja fuera positiva para MAP en 5.22 veces (intervalo de confianza (IC) del 95% = 1.25-21.83). Con cada aumento de 100 vacas en el tamaño de la granja, el riesgo de que una granja diera positivo para MAP aumentó en 1.94 veces (IC = 1.15-3.27), 1.14 veces (IC = 1.02-1.27) y 5.53 veces (IC = 0.44-68.97) en las regiones de estudio norte, este y sur, respectivamente. Además, la compra de ganado con un estado MAP desconocido aumentó el riesgo de que una granja diera positivo para MAP en 2.86 veces (IC = 1.45-5.67). Nuestros resultados demuestran que el tamaño del rebaño, el estado MAP desconocido del ganado comprado y diferentes aspectos de la alimentación de terneros juegan un papel importante en el estado MAP de una granja y deben ser el foco en regiones con diferentes prevalencias de MAP entre rebaños. Además, se deben identificar patrones de riesgo individuales de la granja durante la consultoría de bioseguridad (veterinaria).