El objetivo de este estudio fue evaluar los factores de riesgo ambientales y de raza asociados con la prevalencia de mastitis subclínica (MSC) en vacas en el sistema de ganadería de doble propósito de Arauca, Orinoquía colombiana. Se tomaron muestras de leche de 1924 cuartos mamarios, correspondientes a 481 vacas en 28 granjas diferentes, y se aplicó la Prueba de Mastitis de California (CMT). Los factores de riesgo asociados con la MSC se determinaron utilizando análisis de regresión logística múltiple. La variable de respuesta fue la presencia (1) o ausencia (0) de MSC. La raza se incluyó como un factor de riesgo genético, y la producción diaria de leche, el número de vacas en producción, el mes de lactancia, el número de partos, la edad de la vaca, el período climático y la condición corporal se incluyeron como factores de riesgo ambientales. El análisis de la razón de momios (RM) de los efectos significativos indicó que los factores significativamente asociados con la presencia de MSC fueron el número de vacas (RM = 2.29; p = 0.005), la producción de leche (RM = 0.88; p = 0.045), y las razas Taurus-Indicus (RM = 1.79; p = 0.009) y raza compuesta (RM = 3.95; p = 0.005). En este estudio, la ocurrencia de MSC se determinó por los siguientes factores de riesgo: número de vacas, producción de leche y raza. Asimismo, la mayor prevalencia parecía ocurrir en granjas con menor desarrollo tecnológico y manejo sanitario de productores del estrato socioeconómico más bajo.