La salinización del suelo es un importante estresor abiótico que reduce significativamente el rendimiento del trigo. Identificar nuevos genes de tolerancia a la sal y integrarlos en los programas de mejoramiento del trigo puede aumentar la productividad del trigo en suelos salinos. El factor de respuesta al etileno (ERF) desempeña un papel importante en la respuesta de las plantas al estrés salino, y hasta ahora, se han identificado cuatro genes de trigo que están involucrados en la respuesta al estrés salino. Para identificar sistemáticamente genes relacionados con la tolerancia a la sal en el trigo, en este estudio, se aislaron 213 secuencias del genoma completo del trigo común y se clasificaron en 54 miembros según la homología del subgenoma. Los resultados de la secuenciación del transcriptoma mostraron diferentes patrones de expresión de los miembros en las hojas después de 1, 6, 24 y 48 horas de tratamiento con NaCl. Basado en el análisis de asociación, nueve genes se correlacionaron con el índice de daño salino en las hojas. Entre ellos, cinco SNPs formaron dos haplotipos: Hap1 y Hap2. Los resultados de RT-qPCR mostraron que el nivel de expresión fue significativamente mayor en los germoplasmas de tipo Hap2 que en los de tipo Hap1 después de 1 y 6 horas de tratamiento con NaCl. Se desarrolló un marcador de PCR específico de alelos competitivos K52 para la genotipificación de haplotipos, lo que confirmó aún más la correlación significativa entre los haplotipos y los fenotipos relacionados con la tolerancia a la sal en la población de mapeo y los germoplasmas de trigo. Este estudio proporciona nuevos genes y marcadores moleculares para mejorar la tolerancia a la sal en el trigo.