La modificación de histonas y/o ADN dirigida por ARN es un mecanismo conservado para el establecimiento de marcas epigenéticas desde levaduras y plantas hasta mamíferos. La formación de heterocromatina en levaduras es mediada por un mecanismo de silenciamiento dirigido por ARN, mientras que el establecimiento de la metilación del ADN en plantas se realiza a través de la vía de metilación del ADN dirigida por ARN (RdDM). Recientemente, se ha informado que los factores de empalme están involucrados tanto en la formación de heterocromatina dirigida por ARN en levaduras como en la vía RdDM en plantas. En levaduras, los factores de empalme pueden proporcionar una plataforma para facilitar la generación de siARN a través de una interacción con RDRC y, por lo tanto, afectar la formación de heterocromatina, mientras que en plantas, varios factores de empalme parecen actuar en diferentes etapas de la vía RdDM.