El selenio (Se) es un microelemento beneficioso para los seres humanos, y sus variadas abundancias y deficiencias han suscitado una preocupación generalizada. El proceso de acumulación de selenio en el suelo es bastante complicado, ya que está controlado por múltiples factores. Sin embargo, el mecanismo de influencia de las propiedades del suelo, el clima y las condiciones topográficas en la distribución de Se aún no está claro en áreas deficientes en Se. Para este estudio, recolectamos 2804 muestras de suelo de tierras de cultivo para evaluar los niveles de Se y los factores que influyen en esos niveles en áreas deficientes en Se del suroeste de China. El contenido de Se en esta área (0,17 mg/kg) fue menor que el valor promedio de China en su conjunto (0,29 mg/kg). El índice de Moran y un modelo de bosque aleatorio (RF) mostraron que los niveles más altos de Se se observaron principalmente en las secciones sur y norte del área que estudiamos. El modelo RF tuvo un excelente rendimiento en la predicción del contenido de Se en el suelo, con una precisión del 64%. El uso de explicaciones aditivas de Shapley indicó que la materia orgánica del suelo (SOM) y la precipitación anual media (MAP) eran los factores críticos que determinaban la distribución de Se. Las áreas con alta SOM y MAP mostraron niveles altos de Se. La información obtenida de este trabajo puede proporcionar orientación para la planificación agrícola en áreas deficientes en Se.