Los ciervos rojos que viven en el norte de China están restringidos y amenazados debido a las actividades humanas y los cambios en el entorno natural, que influyen en la dispersión y el flujo genético efectivo entre diferentes grupos de ciervos rojos. El flujo genético efectivo juega un papel importante en el mantenimiento de la diversidad genética y la estructura, así como en la salud de la población. Para evaluar el nivel de diversidad genética y comprender el flujo genético entre diferentes grupos de ciervos rojos, se recolectaron 231 muestras fecales frescas de la parte sur de las Montañas Greater Khingan, China. Se utilizó un marcador de microsatélites para el análisis genético. Los resultados mostraron que la diversidad genética de los ciervos rojos era intermedia en esta región. Se encontró una diferenciación genética significativa entre diferentes grupos en el área de distribución principal ( < 0.01) utilizando estadísticas y el programa STRUCTURE. Existían diferentes grados de flujo genético en los grupos de ciervos rojos, y las carreteras ( = 40.9), la elevación ( = 38.6) y los asentamientos ( = 14.1) ejercieron efectos principales sobre el flujo genético entre los grupos de ciervos rojos. Los factores creados por el hombre deben ser observados y supervisados estrictamente en esta región para evitar disturbios excesivos en el movimiento normal de los ciervos rojos. La conservación y gestión adicional de los ciervos rojos debería reducir la intensidad del tráfico vehicular en las áreas de distribución concentrada de los ciervos rojos, especialmente durante la temporada de calor. Esta investigación nos ayuda a comprender mejor el nivel genético y el estado de salud de los ciervos rojos en la parte sur de las Montañas Greater Khingan y proporciona referencias teóricas para proteger y restaurar las poblaciones de ciervos rojos en China.