Los servidores de predicción de estructuras de proteínas utilizan diversos métodos computacionales para predecir la estructura tridimensional de las proteínas a partir de su secuencia de aminoácidos. Los modelos predichos se utilizan para inferir la función de las proteínas y guiar los esfuerzos experimentales. Esto puede contribuir a resolver el problema de predecir las estructuras terciarias de las proteínas, uno de los principales problemas no resueltos en bioinformática. El desafío es entender la relación entre la secuencia de aminoácidos de una proteína y su estructura tridimensional, que está relacionada con la función de estas macromoléculas. Este artículo es una versión ampliada del artículo wCReF: El servidor web para el método basado en fragmentos de residuos centrales (CReF) para la predicción de estructuras de proteínas, publicado en la 14ª Conferencia Internacional sobre Tecnología de la Información: Nuevas Generaciones. En la primera versión, presentamos el wCReF, un servidor de predicción de estructuras de proteínas para el método basado en fragmentos de residuos centrales. La interfaz de wCReF se desarrolló con un enfoque en la usabilidad y la interacción del usuario. Con esta herramienta, los usuarios pueden ingresar la secuencia de aminoácidos de su proteína objetivo y obtener su estructura 3D aproximada sin necesidad de instalar toda la multitud de herramientas necesarias. En esta versión ampliada, presentamos el proceso de diseño del servidor de predicción en detalle, que incluye: (A) identificación de las necesidades del usuario: con el objetivo de entender las características de un servidor de predicción de estructuras de proteínas, los perfiles de los usuarios finales y las tareas comúnmente realizadas; (B) inspección de usabilidad del servidor: para definir los requisitos y características de wCReF, hemos utilizado una evaluación heurística guiada por expertos en las áreas de interacción humano-computadora y bioinformática, aplicada a los servidores de predicción de estructuras de proteínas I-TASSER, QUARK y Robetta; como resultado, se encontraron cambios en todas las heurísticas que resultaron en 89 problemas de usabilidad; (C) documento de requisitos de software y prototipo: resultados de evaluación que guían las características clave que wCReF debe tener compiladas en un documento de requisitos de software; a partir de este paso, se llevó a cabo la creación de prototipos; (D) análisis de usabilidad de wCReF: un vistazo a la detección de nuevos problemas de usabilidad con los usuarios finales mediante la adaptación del cuestionario de satisfacción de Ssemugabi; la evaluación de los usuarios tuvo un 80% de retroalimentación positiva; (E) finalmente, se presentan algunas pautas específicas para el diseño de la interfaz, que pueden contribuir al diseño de recursos computacionales interactivos para el campo de la bioinformática. Además de los resultados del artículo original, presentamos la metodología utilizada en el proceso de diseño y evaluación de wCReF (muestra, procedimientos, herramientas de evaluación) y los resultados obtenidos.