En este trabajo, se obtuvieron extractos de la pulpa, cáscara y semillas mediante liofilización y secado en horno. Se realizaron análisis bromatológicos para investigar las variabilidades en el contenido nutricional de las frutas después de nueve días post-cosecha. El contenido fitoquímico de las frutas se evaluó mediante cromatografía de gases con detector de ionización de llama (GC-FID), y su rendimiento biológico se estudió utilizando ensayos antibacterianos y antioxidantes (DPPH y ABTS) y modelos de toxicidad. Se implementó acoplamiento molecular para evaluar la interacción entre compuestos polares de las frutas de chicozapote con receptores involucrados en la patogénesis de cepas bacterianas. Los resultados revelaron que el contenido de agua o sólidos solubles no varió después de la post-cosecha. Se demostró que los enfoques de liofilización o secado en horno influenciaron la fibra dietética insoluble, total y los carbohidratos digestibles entre las muestras. Según el análisis de GC-FID, se observó que los métodos de liofilización y secado en horno también alteraron el contenido de ácidos mirístico y pentadecanoico entre los extractos obtenidos. Se notó que las actividades antibacterianas y antioxidantes de los extractos eran débiles debido a sus valores de CIM (>1000 g/mL) y CI (>2000 g/mL). Sin embargo, la toxicidad de los extractos fue baja contra nauplios. La evaluación reveló que los compuestos polares en las frutas poseen una alta afinidad de unión hacia la DNA girasa B de las cepas cultivadas. Este estudio amplía la evidencia científica sobre la influencia de distintos métodos de extracción en el contenido nutricional y nutracéutico de las frutas nativas y la importancia de considerar enfoques adicionales para mejorar sus bioactividades.