La realidad comercial de los compuestos bioactivos y la producción de aceite a partir de especies microalgales está limitada por el alto costo de producción. El procesamiento posterior, que incluye la cosecha y extracción, puede representar entre el 70 y el 80% del costo total de producción. En consecuencia, desde una perspectiva económica, es necesario mejorar las tecnologías de extracción. Las células microalgales son difíciles de romper debido a los polímeros dentro de su pared celular, como el algaenan y el esporopolenina. Por lo tanto, se requieren disolventes y dispositivos de ruptura para obtener productos de interés del interior de las células. Las técnicas convencionales utilizadas para la ruptura celular y la extracción son costosas y a menudo se ven obstaculizadas por bajas eficiencias. La extracción asistida por microondas ofrece una posibilidad para la extracción de componentes bioquímicos, incluidos lípidos, pigmentos, carbohidratos, vitaminas y proteínas, de forma individual y como parte de una biorrefinería. La tecnología de microondas ha avanzado desde su uso en la década de 1970. Puede reducir los tiempos de trabajo y resultar en mayores rendimientos y pureza de los productos. En esta revisión, se discuten la capacidad y los desafíos en el uso de la tecnología de microondas para la extracción de productos bioactivos, tanto de forma individual como como parte de un enfoque de biorrefinería.