Después de un largo período de evolución adaptativa, las ovejas tibetanas se han adaptado al entorno de la meseta en términos de genética, fisiología y bioquímica, pero el mecanismo de adaptación a la hipoxia no se ha elucidado completamente, y los genes funcionales y los mecanismos moleculares que regulan la adaptación a la hipoxia de las ovejas tibetanas necesitan ser estudiados más a fondo. En este estudio, se seleccionaron ovejas tibetanas como objeto de investigación, y se evaluaron los niveles de expresión de ARNm del gen relacionado con la hipoxia en el corazón, los pulmones, los riñones, el hígado, el bazo y el músculo longissimus dorsi de las ovejas Hu (100 m) y las ovejas tibetanas a diferentes altitudes (2500 m, 3500 m, 4500 m) mediante RT-qPCR. Los loci SNP se detectaron mediante secuenciación y tecnología de PCR específica de alelos competitivos (KASP), luego se analizó la correlación entre el polimorfismo genético y los gases en sangre. Los resultados muestran que la expresión del gen fue más alta en el riñón, lo que indica que la expresión del gen tenía diferencias en los tejidos. Los niveles de expresión del gen en el corazón, los pulmones y el hígado de las ovejas tibetanas a 4500 m de altitud fueron significativamente más altos que los de las ovejas Hu (< 0.05), y los niveles en los corazones de las ovejas tibetanas aumentaron con el incremento de la altitud. Se identificaron tres mutaciones en el gen EPO, los SNPs (g.855 A > C) en el exón 1 y los SNPs (g.1985 T > G y g.2115 G > C) en el exón 4, que fueron nombrados EPO-SNP1, EPO-SNP2 y EPO-SNP3, respectivamente, y los tres SNP mostraron tres genotipos. El análisis de correlación mostró que los sitios g.2115 G > C estaban significativamente correlacionados con O (< 0.05), y las combinaciones de haplotipos estaban significativamente correlacionadas con O (< 0.05). Estos resultados sugieren que la expresión del gen está diferenciada por altitud y por órgano, y que las variantes del gen tienen efectos significativos sobre O, lo que puede ser beneficioso para la adaptación de las ovejas tibetanas al estrés por hipoxia.