Los factores paternos juegan un papel importante en la morfogénesis embrionaria y contribuyen al dimorfismo sexual en el desarrollo. Para evaluar el efecto del ADN paterno en el dimorfismo sexual de la activación del genoma embrionario, comparamos espermatozoides X e Y y diferentes sexos de embriones antes de la determinación del sexo. A través de la secuenciación del transcriptoma (RNA-seq) y la secuenciación de bisulfito de genoma completo (WGBS) de espermatozoides X e Y, encontramos una gran proporción de genes regulados al alza en los espermatozoides Y, respaldado por la observación de que el nivel de metilación del ADN a nivel genómico es ligeramente más bajo que en los espermatozoides X. La interacción citoquina-receptor de citoquina, TGF-beta y las vías de receptores tipo Toll juegan papeles importantes en la espermatogénesis. A través de la re-secuenciación de genoma completo (WGRS) de peces parentales y RNA-seq de cinco etapas embrionarias tempranas, encontramos que el punto temporal de bajo blastocisto es clave para la degradación del transcriptoma materno y la activación del genoma cigótico. Generalmente, las diferencias sexuales emergieron desde la etapa de yema. Además, a través de un análisis integrado de SNPs paternos y expresión génica, evaluamos la influencia de la herencia paterna en el dimorfismo sexual de la activación del genoma. Además, identificamos como posibles instructores para la determinación temprana del sexo y el desarrollo de gónadas en el pez gato amarillo. Este trabajo es significativo para revelar los mecanismos moleculares de la determinación del sexo y el dimorfismo sexual de las especies de peces.