La exposición dietética al plastificante bisfenol A (BPA), un obesogénico y disruptor endocrino de las industrias de plásticos y resinas epóxicas, sigue siendo prevalente a pesar de las restricciones regulatorias y los esfuerzos de seguridad alimentaria. El BPA puede acumularse en humanos y animales, ejerciendo potencialmente efectos en la salud diferenciados según la capacidad metabólica individual. Este estudio piloto examina el impacto de la exposición directa ex vivo al BPA en la microbiota intestinal de niños obesos y de peso normal, utilizando métodos combinados de secuenciación de amplicones 16S rRNA y cultivo anaeróbico. Los resultados mostraron que la exposición xenobiótica directa indujo modificaciones en la abundancia relativa de los taxones microbianos, la estructura de la comunidad y la diversidad. Específicamente, el BPA redujo la abundancia de bacterias pertenecientes al filo, mientras que se promovieron los taxones del filo. De manera consistente, se clasificaron especies como sensibles al BPA, mientras que se identificaron bacterias pertenecientes a la clase como resistentes al BPA en nuestro análisis de culturomics. Algunos de los patrones de abundancia bacteriana alterados fueron comunes tanto para los grupos expuestos al BPA como para el grupo obeso no expuesto en nuestro estudio piloto. Estos hallazgos también fueron corroborados en una cohorte más grande de niños. La investigación futura será esencial para evaluar estos taxones microbianos como posibles biomarcadores para el biomonitoreo del efecto del BPA y su papel como sustancia obesogénica en los niños.