El filtro UV benzofenona y el antiinflamatorio diclofenaco se detectan comúnmente en el medio ambiente. El objetivo de este estudio fue evaluar los efectos multigeneracionales de la exposición crónica a bajas concentraciones de estos químicos sobre la toxicidad y los niveles de metilación del ADN en el copépodo. Se realizaron pruebas de toxicidad aguda para determinar la sensibilidad de los químicos. Todos los químicos afectaron la reproducción, la incubación y la viabilidad de los huevos. El diclofenaco (1 mg.L) redujo el número de huevos por hembra gravídica. La benzofenona (0.5 mg.L) disminuyó el éxito de la incubación de los huevos. La exposición al tóxico de referencia cobre (0.02 mg.L) resultó en una incubación fallida. Los efectos sobre la metilación del ADN se estimaron mediante el porcentaje de 5-metilcitosina. Los tratamientos resultaron en fuertes diferencias en la metilación del ADN con un aumento de la metilación en los animales expuestos. Los dos químicos afectaron tanto la viabilidad de los huevos como la inducción de la metilación diferencial del ADN, sugiriendo posibles efectos evolutivos intra y transgeneracionales.