Ecuador se presenta como una nación que hereda un profundo legado ancestral en la utilización de plantas medicinales, reflejo de la rica biodiversidad que abrazan diversos grupos étnicos. A pesar de este patrimonio, muchos de estos recursos terapéuticos siguen siendo insuficientemente explorados en cuanto a su toxicidad y posibles efectos farmacológicos. Este estudio se centró en una evaluación integral de la citotoxicidad y los posibles objetivos subcelulares dentro de varios extractos y nueve metabolitos aislados de plantas medicinales cuidadosamente seleccionadas. Al evaluar su impacto en la línea celular de cáncer de mama (MCF7), examinamos posteriormente las fracciones más activas en cuanto a efectos sobre el ciclo celular, la red de microtúbulos, la duplicación del centrosoma, los focos de H2AX y la E-cadherina. Los extractos crudos investigados y los compuestos aislados de plantas medicinales ecuatorianas demostraron efectos citotóxicos, influyendo en diversas vías celulares. Estos hallazgos dan credibilidad a los usos tradicionales de las plantas medicinales ecuatorianas, que han servido para diversos propósitos terapéuticos. Además, invitan a la exploración de los químicos específicos, ya sea en aislamiento o en combinación, responsables de estas actividades observadas.