El aumento de la salinización del suelo representa un desafío actual para la productividad de las plantas, ya que la mayoría de las plantas, incluidos los cultivos, son principalmente especies sensibles a la sal. La identificación de rasgos moleculares que sustentan la tolerancia a la sal representa un objetivo primordial para los programas de mejora. En este escenario, el estudio de la variabilidad intraespecífica representa una herramienta válida para investigar los recursos genéticos naturales que han evolucionado las plantas en diferentes condiciones ambientales. Como sistema modelo, que incluye más de 750 accesiones naturales, representa una especie ampliamente estudiada a niveles fenotípicos, metabólicos y genómicos bajo diferentes condiciones ambientales. Se identificaron dos haplogrupos que muestran una arquitectura radical opuesta (raíces superficiales o profundas) en respuesta a la perturbación del flujo de auxina y se asociaron con variaciones en el locus EXO70A3. Aquí, estudiamos la influencia de estos antecedentes genéticos en la tolerancia a la sal de las plantas. Ocho accesiones pertenecientes a los dos haplogrupos fueron evaluadas por su sensibilidad a la sal al exponerlas a estrés salino moderado (75 mM NaCl) o severo (150 mM NaCl). Se encontraron accesiones tolerantes a la sal en ambos haplogrupos, y todas ellas mostraron una capacidad eficiente de eliminación de ROS. Aunque no se observó una relación exclusiva entre la tolerancia a la sal y la pertenencia al haplogrupo, la modulación de la arquitectura del sistema radical también podría contribuir a la tolerancia a la sal.