El objetivo de este estudio fue determinar el potencial de las harinas de cultivos andinos (ACF) para desarrollar muffins aptos para personas con enfermedad celiaca o intolerancia al gluten, ya que estas harinas no contienen gluten en su composición. Las propiedades fisicoquímicas, reológicas, microbiológicas y sensoriales de los muffins de diferentes mezclas de las siguientes ACF fueron evaluadas: camote, oca, achira y mashua, formuladas con sucrosa o sucralosa. Se utilizaron muffins de trigo con sucrosa con fines de control. También se estudió el efecto del almacenamiento de 5 días en el color, la textura y la microbiología. El uso de ACF aumentó significativamente la cantidad de fibra dietética total, mientras que los contenidos de grasa y proteína fueron ligeramente menores en comparación con el control. En cuanto al color, las formulaciones con ACF resultaron en productos más oscuros, mostrando una disminución importante en los valores L* y b*, mientras que a* aumentó en todas las formulaciones de ACF. Según sus propiedades reológicas, todas las masas mostraron un comportamiento no estructurado y viscoso, y la mezcla de camote, achira y mashua con azúcar fue muy similar a la de un muffin de trigo. En los parámetros texturales, hubo un efecto creciente en firmeza y masticabilidad notable en el día 5 en todas las muestras. Los muffins resultantes fueron considerados productos seguros debido a los bajos recuentos de microorganismos totales, mohos y levaduras y la ausencia de durante el almacenamiento. Los muffins con ACF mostraron una buena aceptabilidad general, especialmente los muffins que contenían sucralosa, que obtuvieron la puntuación más alta. Este estudio demostró que las ACF podrían ser utilizadas como materia prima alternativa en la preparación de muffins sin gluten con buena calidad nutricional, proporcionando así una alternativa útil para cultivos poco utilizados.