A nivel mundial, los hábitats naturales han sufrido un daño tremendo debido a las actividades humanas, un fenómeno que es cada vez más evidente en las regiones de cuenca. La gestión de los hábitats naturales en las regiones de cuenca depende de la comprensión de los diversos impactos de las actividades humanas en estos ecosistemas. A pesar de los diversos estudios que se han realizado sobre los efectos de las actividades humanas en los hábitats de las regiones de cuenca, todavía hay muchas dudas sobre el impacto de estas actividades en la calidad de los ecosistemas de cuenca. Para llenar este vacío, este estudio emplea una serie de métodos de análisis espacial y modelado de regresión logística para profundizar en los patrones espaciales y temporales de las actividades humanas y la calidad del hábitat en la Cuenca del Río Yangtsé (YRB), así como las diferencias en los impactos de las actividades humanas en la calidad del hábitat en los subcuencas del YRB. Los hallazgos indican una disminución del 0.408% en la calidad ambiental general del área del YRB de 2000 a 2020, acompañada de un aumento del 15.396% en las actividades humanas. Notablemente, las montañas Qilian del sureste y las regiones montañosas en el sector noroeste de la Cuenca de Sichuan emergen como áreas clave para la restauración de la calidad del hábitat. Por el contrario, las montañas Qilian del suroeste y los conglomerados urbanos en el Delta del Río Yangtsé (YRD) enfrentan una significativa deterioración de la calidad del hábitat. Los análisis de regresión espacial revelan una tendencia notable: las crecientes actividades humanas en la región del Río Yangtsé representan una amenaza sustancial para los esfuerzos de recuperación del hábitat. Además, los análisis diferenciales que se centran en los segmentos superior, medio e inferior de la cuenca subrayan que las actividades humanas ejercen el impacto más pronunciado en la calidad del hábitat dentro de la región de la cuenca inferior, mientras que la cuenca superior experimenta la menor influencia. Las implicaciones de este estudio son múltiples. Proporciona valiosos conocimientos políticos para la gestión integral y la preservación específica de los hábitats en toda la YRB. Al delinear áreas de restauración y degradación del hábitat y resaltar los impactos diferenciales de las actividades humanas en los segmentos de la cuenca, esta investigación sienta una base sólida para la toma de decisiones informadas en la conservación del hábitat y la gestión de ecosistemas dentro de la YRB.