El virus velarivirus 1 de la palma de areca (APV1), el agente causal de la enfermedad de la hoja amarilla (YLD), representa una grave amenaza para la industria de la palma de areca, económicamente importante, en la provincia de Hainan, China, sin embargo, su dinámica evolutiva sigue siendo poco comprendida. Aquí, realizamos una encuesta molecular a gran escala secuenciando el gen de la proteína de la cubierta (CP) de 364 muestras infectadas por APV1 recolectadas en las principales regiones de cultivo de Hainan. Los análisis genéticos de población revelaron una diversidad de haplotipos extremadamente alta ( = 0.997) pero una diversidad de nucleótidos muy baja ( = 0.017). Las pruebas de neutralidad (Tajima"s = -2.266; Fu"s = -23.697) y una distribución de desajuste unimodal apoyaron un escenario de expansión demográfica reciente a partir de un pool ancestral restringido. Los análisis evolutivos indicaron que el gen está sujeto a una fuerte selección purificadora, aunque ocho codones mostraron selección positiva episódica, sugiriendo una adaptación viral en curso. Además, identificamos tres clústeres genéticos distintos con una estructuración geográfica significativa, lo que indica que la diseminación viral está moldeada por factores locales. En conjunto, estos resultados revelan una reciente invasión explosiva de APV1 caracterizada por una rápida expansión en toda la isla y una diferenciación local emergente. Este trabajo proporciona nuevas perspectivas sobre la trayectoria evolutiva de APV1 y establece una base genómica para una mejor vigilancia y gestión de la YLD.