Los relojes circadianos en plantas, animales, hongos y en bacterias fotosintéticas han sido bien descritos. Las observaciones de ritmos circadianos en Eubacterias no fotosintéticas han sido esporádicas, y la base molecular de estos ritmos potenciales sigue siendo incierta. Aquí, presentamos la evidencia experimental y bioinformática publicada sobre ritmos circadianos en estas Eubacterias no fotosintéticas. A partir de esto, sugerimos que las funciones de mantenimiento del tiempo de estos organismos se observarán y estudiarán mejor en sus entornos complejos apropiados. Dado los ricos cambios temporales que existen en estos entornos, se propone que los microorganismos tanto se adaptan como contribuyen a estas dinámicas diarias a través del proceso de mutualismo temporal. Comprender el mantenimiento del tiempo y las interacciones temporales dentro de estos sistemas permitirá una comprensión más profunda de los relojes circadianos y los programas temporales, y proporcionará valiosos conocimientos para la medicina y la agricultura.