Los cítricos son el cultivo de fruta más grande del mundo, mientras que la aplicación alta de nitrógeno (N) en los huertos de cítricos es común en muchos países, lo que resulta no solo en problemas de rendimiento, calidad y medio ambiente, sino que también ralentiza el establecimiento de las copas de cítricos en huertos recién cultivados. Así, el objetivo de este estudio fue investigar el mecanismo fisiológico inhibitorio de la aplicación excesiva de N en el crecimiento de plántulas de cítricos. Se realizó un experimento en macetas con la variedad de cítricos () a cuatro tasas de fertilización con N (0, 50, 100 y 400 mg N/kg de suelo seco, denotadas como N0, N50, N100 y N400, respectivamente) para evaluar los cambios en la morfología de las raíces, biomasa, acumulación de N, actividades enzimáticas, entre otros. Los resultados mostraron que la aplicación de N400 redujo significativamente la biomasa total (de 14.24 a 6.95 g/planta), la acumulación de N (de 0.65 a 0.33 g/planta) y la eficiencia de uso de N (92.69%) en plántulas de cítricos en comparación con el tratamiento N100. El modelo de ruta de mínimos cuadrados parciales mostró además que la disminución de la biomasa y la acumulación de N por la alta aplicación de N se atribuyó en gran medida a la reducción del crecimiento de las raíces a través de efectos directos e indirectos (el ajuste del modelo fue de 0.733) en lugar de solo la transformación de N en el suelo y la actividad de absorción de N por las raíces. Estos resultados son útiles para optimizar la gestión de N a través de una absorción y utilización sinérgicas de N por las plántulas de cítricos.