Tanto la gestión de la fertilización con nitrógeno como con calcio son vitales para los cultivos, donde un desequilibrio de estos elementos puede causar problemas fisiológicos y de rendimiento. Se ha propuesto que la absorción de nitrógeno, especialmente amonio, depende en parte del suministro de calcio. Además, el equilibrio entre estos dos nutrientes podría ser un indicador clave del crecimiento de la planta en algunas especies. El tomate, uno de los cultivos más cultivados a nivel mundial, también puede verse ampliamente afectado por el desequilibrio nutricional. El uso de grandes cantidades de fertilizantes de N podría llevar a un desequilibrio con otros nutrientes y, por lo tanto, efectos perjudiciales en términos de desarrollo de la planta y rendimiento. Aquí mostramos que el exceso de amonio tiene un impacto negativo en el desarrollo de la planta y resulta en deficiencia de calcio. Además, un déficit en la nutrición de calcio no solo afecta la concentración de calcio sino que también conduce a una restricción en la absorción de N y una reducción de la concentración de N en la planta. Estos efectos fueron evidentes en la etapa de plántula y también durante la floración/cuajado de frutos. Utilizando análisis de PCA, integramos tanto los desequilibrios fenotípicos como nutricionales en plántulas y plantas adultas. Curiosamente, la relación Ca/N parece ser un indicador clave para monitorear una nutrición adecuada de N y calcio y, más importante aún, el equilibrio entre ambos. Mantener este equilibrio podría ser un elemento esencial para la producción de tomate.